Tiếng Quechua lan rộng ở bờ Thái Bình Dương của Nam Mỹ trước cả khi Đế quốc Inca bắt đầu mở rộng. Người Inca là một trong số nhiều dân tộc ở Peru ngày nay nói phương ngữ của tiếng Quechua. Ở Cusco, Quechua bị ảnh hưởng bởi các ngôn ngữ lân cận như tiếng Aymara, khiến nó phát triển thành phương ngữ riêng biệt. Tương tự như vậy, các phương ngữ bắt đầu nổi lên ở những nơi khác nhau do vay mượn từ các ngôn ngữ lân cận cùng lúc với thời gian Đế quốc Inca cai trị và áp đặt Quechua làm ngôn ngữ chính thức.

Sau cuộc chinh phạt Peru của Tây Ban Nha vào thế kỷ 16, tiếng Quechua vẫn tiếp tục được dân bản địa sử dụng. Ngôn ngữ được chính quyền Tây Ban Nha chính thức công nhận và nhiều người Tây Ban Nha đã học thứ tiếng này để giao tiếp với người dân địa phương.[9] Các giáo sĩ của Nhà thờ Công giáo sử dụng tiếng Quechua để truyền giáo. Những ghi chép lâu đời nhất về ngôn ngữ này là của nhà truyền giáo Domingo de Santo Tomás, ông đến Peru vào năm 1538 và học ngôn ngữ này từ năm 1540. Ông xuất bản cuốn Grammatica o arte de la lengua general de los indos de los reynos del Perú (Ngữ pháp hoặc Nghệ thuật ngôn ngữ chung của thổ dân da đỏ ở Peru) vào năm 1560.10]11] Tiếng Quechua dưới vai trò truyền giáo giúp nó tiếp tục tồn tại.

Cuối thế kỷ XVII, chính quyền thực dân bãi bỏ vai trò hành chính và truyền giáo của tiếng Quechua sau cuộc khởi nghĩa của Túpac Amaru II.[6] Bất chấp nỗ lực hồi sinh ngắn ngủi sau khi các quốc gia Mỹ Latinh giành độc lập vào thế kỷ 19, uy tín của tiếng Quechua đã bị giảm mạnh. Dần dần ngôn ngữ này rơi vào quên lãng và chỉ được bảo tồn ở những vùng nông thôn cô lập và bảo thủ. Tuy nhiên, trong thế kỷ 21, số người nói tiếng Quechua vẫn chiếm từ 8 đến 10 triệu người trên khắp Nam Mỹ,[6] một con số khá lớn so với những tiếng thổ dân khác.